FSC认证的费用主要包括直接费用和间接费用：
直接费用---直接费用是认证本身的费用，如FSC认证评估和审核费用、认证人员的工资和差旅费等，这种费用是固定的。
间接费用---间接费用是要达到认证标准所需的额外费用。如调整森林经营长远规划和森林操作规程、提高森林的经营水平、对生产人员进行培训等的费用，达到FSC认证的要求而花费的劳务工时和文件等费用。
FSC认证的费用取决于以下几个因素：
①认证面积。一般地说，林地面积越大，认证费越高，但认证费并非成正比例的增加，通常申请认证的林地面积越大，则单位林地面积的平均认证费越少，因此营林者应尽可能一次性地将符合条件的林地都包含进去，以降低认证成本。切忌一小块一小块地分开认证。
②位置的分布是分散还是集中。林地越分散，审核人员需要去看的地方越多，路程和时间都会比较多，因此费用自然比较高。
③认证公司的远近。认证机构如果远隔重洋，认证人员到达现场的差旅费自然高很多。现在在国内并没有认证公司的常设机构，相对近一些的也只有一些认证公司设在亚洲国家的分支机构。
④认证队伍中外国专家的人数。认证队伍中的外国专家主要来自于欧美等发达国家，他们工资水平高出几个数量级，而且他们从国外到达林地现场的交通费用也高很多。国内专家的报酬则低很多。因此认证队伍中有一个外国专家或两个外国专家对认证费的影响是很大的。
⑤认证公司期望赚取的利润。这方面的差距惟有进行多方面比较才能得出。
一般地，FSC/COC认证的总费用在三到十万左右。具体视公司规模、销售额、人员数量，现场数量等因素决定。